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Biologia e evolução viral
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Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution James Hadfield, Colin Megill, Sidney M Bell, John Huddleston, Barney Potter, Charlton Callender, Pavel Sagulenko, Trevor Bedford, Richard A Neher Bioinformatics, Volume 34, Issue 23, 01 December 2
Biologia e evolução viral
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Bioinformática
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Matéria sobre o desenvolvimento de uma plataforma tecnológica pelo grupo do Prof. Jorge Kalil, a qual usa partículas semelhantes a vírus para a inserção de antígenos e sua apresentação para o sistema imune. Discute ainda a seleção de fragmentos da proteína S (spike) do SARS-Cov-2 para gerar anticorpos que possam bloquear a entrada do vírus nas células.
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Matéria que discute as principais descobertas do artigo de Andersen e cols. (2020) com base em uma entrevista com o Prof. Daniel Lahr (IB-USP).
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Matéria que apresenta e discute algumas evidências que sugerem que o SARS-Cov-2 causador da pandemia de COVID-2 teria sido fruto da combinação de dois vírus, derivados originalmente de morcegos e pangolins, ambas as espécies sendo comuns em mercados de rua da China.
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O artigo mostra que o mecanismo de entrada do SARS-Cov-2 depende da adesão da proteína da espícula do vírus (proteína S) a receptores celulares ACE2 e de uma serina protease TMPRSS2 para iniciar a proteína S. Mostra ainda que um inibidor da TMPRSS2 bloqueia a entrada do vírus e que anticorpos de pacientes convalescentes de SARS neutralizam parcialmente a entrada do SARS-Cov-2.
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Huang, C., Wang, Y., Li, X., Ren, L., Zhao, J., Hu, Y., … Cao, B. (2020). Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet.
Publicado em 15/02/2020. O artigo relata o levantamento epidemiológico, clínico e laboratorial de 41 pacientes positivos para o SARS-Cov-2, que deram entrada com quadro de pneumonia em um hospital em Wuhan, China.
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Publicado em 18/03/2019. A matéria apresenta trechos da entrevista do Prof. Jorge Kalil na qual ele explica os princípios envolvidos no desenvolvimento de uma vacina contra o coronavírus.
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Artigo que estudou as relações filogenéticas do SARS-Cov-2 e a datação do ancestral comum mais recente.
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Artigo que descreve o encontro de coronavírus em amostras metagenômicas de pangolins.
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Discussão entre pesquisadores sobre a validade da existência de duas linhagens do SARS-Cov-2.
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Virological.org
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Artigo que propõe a existência de duas linhagens de SARS-Cov-2.
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Uma base de dados com diversas informações sobre vírus, incluindo ilustrações de estruturas de partículas e genomas virais.
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O artigo que descreve o coronavírus, então denominado 2019-nCoV (atualmente designado SARS-Cov-2), e o relato de um caso da doença conhecida atualmente como COVID-19.
Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Song ZG, Hu Y, Tao ZW, Tian JH, Pei YY, Yuan ML, Zhang YL, Dai FH, Liu Y, Wang QM, Zheng JJ, Xu L, Holmes EC, Zhang YZ. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020 Mar;579(7798):265-269. doi: 10.1038/s41586-020-2008-3. Epub 2020 Feb 3. PubMed PMID: 32015508.
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O artigo descreve a reanálise de dados metagenômicos de pangolins publicados por Liu e cols. (2019) e a observação de que a região RGD da proteína S do pangolin-Cov é praticamente idêntica à do SARS-Cov-2.
Xiao, K., Junqiong Zhai, Yaoyu Feng, ... Lihua Xiao. (2020). Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. BioRxiv.