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Biologia e evolução viral
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Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution James Hadfield, Colin Megill, Sidney M Bell, John Huddleston, Barney Potter, Charlton Callender, Pavel Sagulenko, Trevor Bedford, Richard A Neher Bioinformatics, Volume 34, Issue 23, 01 December 2
Biologia e evolução viral
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Bioinformática
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Matéria sobre o desenvolvimento de uma plataforma tecnológica pelo grupo do Prof. Jorge Kalil, a qual usa partículas semelhantes a vírus para a inserção de antígenos e sua apresentação para o sistema imune. Discute ainda a seleção de fragmentos da proteína S (spike) do SARS-Cov-2 para gerar anticorpos que possam bloquear a entrada do vírus nas células.
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Matéria que discute as principais descobertas do artigo de Andersen e cols. (2020) com base em uma entrevista com o Prof. Daniel Lahr (IB-USP).
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Matéria que apresenta e discute algumas evidências que sugerem que o SARS-Cov-2 causador da pandemia de COVID-2 teria sido fruto da combinação de dois vírus, derivados originalmente de morcegos e pangolins, ambas as espécies sendo comuns em mercados de rua da China.
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O artigo mostra que o mecanismo de entrada do SARS-Cov-2 depende da adesão da proteína da espícula do vírus (proteína S) a receptores celulares ACE2 e de uma serina protease TMPRSS2 para iniciar a proteína S. Mostra ainda que um inibidor da TMPRSS2 bloqueia a entrada do vírus e que anticorpos de pacientes convalescentes de SARS neutralizam parcialmente a entrada do SARS-Cov-2.
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Huang, C., Wang, Y., Li, X., Ren, L., Zhao, J., Hu, Y., … Cao, B. (2020). Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet.
Publicado em 15/02/2020. O artigo relata o levantamento epidemiológico, clínico e laboratorial de 41 pacientes positivos para o SARS-Cov-2, que deram entrada com quadro de pneumonia em um hospital em Wuhan, China.
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Publicado em 18/03/2019. A matéria apresenta trechos da entrevista do Prof. Jorge Kalil na qual ele explica os princípios envolvidos no desenvolvimento de uma vacina contra o coronavírus.
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Artigo que estudou as relações filogenéticas do SARS-Cov-2 e a datação do ancestral comum mais recente.
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Artigo que descreve o encontro de coronavírus em amostras metagenômicas de pangolins.
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Discussão entre pesquisadores sobre a validade da existência de duas linhagens do SARS-Cov-2.
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Virological.org
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Artigo que propõe a existência de duas linhagens de SARS-Cov-2.
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Uma base de dados com diversas informações sobre vírus, incluindo ilustrações de estruturas de partículas e genomas virais.
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O artigo que descreve o coronavírus, então denominado 2019-nCoV (atualmente designado SARS-Cov-2), e o relato de um caso da doença conhecida atualmente como COVID-19.
Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Song ZG, Hu Y, Tao ZW, Tian JH, Pei YY, Yuan ML, Zhang YL, Dai FH, Liu Y, Wang QM, Zheng JJ, Xu L, Holmes EC, Zhang YZ. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020 Mar;579(7798):265-269. doi: 10.1038/s41586-020-2008-3. Epub 2020 Feb 3. PubMed PMID: 32015508.
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O artigo descreve a reanálise de dados metagenômicos de pangolins publicados por Liu e cols. (2019) e a observação de que a região RGD da proteína S do pangolin-Cov é praticamente idêntica à do SARS-Cov-2.
Xiao, K., Junqiong Zhai, Yaoyu Feng, ... Lihua Xiao. (2020). Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. BioRxiv.
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BACKGROUND
Coronavirus disease 2019 (Covid-19) is associated with diffuse lung damage. Glucocorticoids may modulate inflammation-mediated lung injury and thereby reduce progression to respiratory failure and death.
METHODS
In this controlled, open-label trial comparing a range of possible treatments in patients who were hospitalized with Covid-19, we randomly assigned patients to receive oral or intravenous dexamethasone (at a dose of 6 mg once daily) for up to 10 days or to receive usual care alone. The primary outcome was 28-day mortality. Here, we report the final results of this assessment.
RESULTS
A total of 2104 patients were assigned to receive dexamethasone and 4321 to receive usual care. Overall, 482 patients (22.9%) in the dexamethasone group and 1110 patients (25.7%) in the usual care group died within 28 days after randomization (age-adjusted rate ratio, 0.83; 95% confidence interval [CI], 0.75 to 0.93; P<0.001). The proportional and absolute between-group differences in mortality varied considerably according to the level of respiratory support that the patients were receiving at the time of randomization. In the dexamethasone group, the incidence of death was lower than that in the usual care group among patients receiving invasive mechanical ventilation (29.3% vs. 41.4%; rate ratio, 0.64; 95% CI, 0.51 to 0.81) and among those receiving oxygen without invasive mechanical ventilation (23.3% vs. 26.2%; rate ratio, 0.82; 95% CI, 0.72 to 0.94) but not among those who were receiving no respiratory support at randomization (17.8% vs. 14.0%; rate ratio, 1.19; 95% CI, 0.92 to 1.55).
CONCLUSIONS
In patients hospitalized with Covid-19, the use of dexamethasone resulted in lower 28-day mortality among those who were receiving either invasive mechanical ventilation or oxygen alone at randomization but not among those receiving no respiratory support. (Funded by the Medical Research Council and National Institute for Health Research and others; RECOVERY ClinicalTrials.gov number, NCT04381936. opens in new tab; ISRCTN number, 50189673. opens in new tab.)
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Nano-formulating dexamethasone, and administering it via intravenous injection or inhalation, may help to improve anti-COVID-19 treatment efficacy by targeting the potent corticosteroid drug to hyper-activated immune cells, by potentiating its anti-oedema activity and by exploiting its anti-fibrotic effects.
