We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks Nathan D. Grubaugh, Mary E. Petrone & Edward C. Holmes Nature Microbiology volume 5, pages 529–530(2020)

Biologia e evolução viral

Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution James Hadfield, Colin Megill, Sidney M Bell, John Huddleston, Barney Potter, Charlton Callender, Pavel Sagulenko, Trevor Bedford, Richard A Neher Bioinformatics, Volume 34, Issue 23, 01 December 2

Biologia e evolução viral

Genome Detective Coronavirus Typing Tool for rapid identification and characterization of novel coronavirus genomes. Cleemput S, Dumon W, Fonseca V, Karim WA, Giovanetti M, Alcantara LC, Deforche K, de Oliveira T. Bioinformatics, 2020

Bioinformática

Alisson, E. Agência Fapesp. Cientistas brasileiros estão desenvolvendo vacina contra novo coronavírus

Matéria sobre o desenvolvimento de uma plataforma tecnológica pelo grupo do Prof. Jorge Kalil, a qual usa partículas semelhantes a vírus para a inserção de antígenos e sua apresentação para o sistema imune. Discute ainda a seleção de fragmentos da proteína S (spike) do SARS-Cov-2 para gerar anticorpos que possam bloquear a entrada do vírus nas células.

Estudo genético mostra por que vírus da covid-19 não foi feito em laboratório. Jornal da USP. Publicado em 18/03/2019

Matéria que discute as principais descobertas do artigo de Andersen e cols. (2020) com base em uma entrevista com o Prof. Daniel Lahr (IB-USP).

Hassanin, A. Coronavirus origins: genome analysis suggests two viruses may have combined. The Conversation

Matéria que apresenta e discute algumas evidências que sugerem que o SARS-Cov-2 causador da pandemia de COVID-2 teria sido fruto da combinação de dois vírus, derivados originalmente de morcegos e pangolins, ambas as espécies sendo comuns em mercados de rua da China.

Hoffmann M et al. SARS-CoV-2 cell entry depends on ACE2 and TMPRSS2 and is blocked by a clinically proven protease inhibitor. Cell 2020 Mar 5; [e-pub]

O artigo mostra que o mecanismo de entrada do SARS-Cov-2 depende da adesão da proteína da espícula do vírus (proteína S) a receptores celulares ACE2 e de uma serina protease TMPRSS2 para iniciar a proteína S. Mostra ainda que um inibidor da TMPRSS2 bloqueia a entrada do vírus e que anticorpos de pacientes convalescentes de SARS neutralizam parcialmente a entrada do SARS-Cov-2.

Huang, C., Wang, Y., Li, X., Ren, L., Zhao, J., Hu, Y., … Cao, B. (2020). Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet.

Publicado em 15/02/2020. O artigo relata o levantamento epidemiológico, clínico e laboratorial de 41 pacientes positivos para o SARS-Cov-2, que deram entrada com quadro de pneumonia em um hospital em Wuhan, China.

Kalil, J. Vacina contra coronavírus em desenvolvimento na USP é diferente da americana. Jornal da USP.

Publicado em 18/03/2019. A matéria apresenta trechos da entrevista do Prof. Jorge Kalil na qual ele explica os princípios envolvidos no desenvolvimento de uma vacina contra o coronavírus.

Li X, Zai J, Zhao Q, Nie Q, Li Y, Foley BT, Chaillon A. Evolutionary history, potential intermediate animal host, and cross-species analyses of SARS-CoV-2. J Med Virol. 2020 Feb 27.

Artigo que estudou as relações filogenéticas do SARS-Cov-2 e a datação do ancestral comum mais recente.

Liu P, Chen W, Chen JP. Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus of Malayan Pangolins (Manis javanica). Viruses. 2019 Oct 24;11(11). pii: E979.

Artigo que descreve o encontro de coronavírus em amostras metagenômicas de pangolins.

Maclean et al. Response to “On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2.

Discussão entre pesquisadores sobre a validade da existência de duas linhagens do SARS-Cov-2.

Rambaut, A. (2020). Phylogenetic analysis of nCoV-2019 genomes

Virological.org 

On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2, National Science Review

Artigo que propõe a existência de duas linhagens de SARS-Cov-2. 

ViralZone

Uma base de dados com diversas informações sobre vírus, incluindo ilustrações de estruturas de partículas e genomas virais.

A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020 Mar;579(7798):265-269.

O artigo que descreve o coronavírus, então denominado 2019-nCoV (atualmente designado SARS-Cov-2), e o relato de um caso da doença conhecida atualmente como COVID-19.  

Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Song ZG, Hu Y, Tao ZW, Tian JH, Pei YY, Yuan ML, Zhang YL, Dai FH, Liu Y, Wang QM, Zheng JJ, Xu L, Holmes EC, Zhang YZ. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020  Mar;579(7798):265-269. doi: 10.1038/s41586-020-2008-3. Epub 2020 Feb 3. PubMed PMID: 32015508.

Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. BioRxiv.

O artigo descreve a reanálise de dados metagenômicos de pangolins publicados por Liu e cols. (2019) e a observação de que a região RGD da proteína S do pangolin-Cov é praticamente idêntica à do SARS-Cov-2.

Xiao, K., Junqiong Zhai, Yaoyu Feng, ... Lihua Xiao. (2020). Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. BioRxiv.